Metody przewidywania struktury i porównywania sekwencji białek

MetaServer
Meta Serwer oferuje dostęp o wielu wysokiej jakości metod służących do rozpoznawania foldów białek oraz udostępnia infrastrukturę dla wielu z tych metod używających konsensusu kilku metod w celu wygenerowania lepszych wyników. Meta Serwer jest pierwszym krokiem w naszej strategii przewidywania struktury białek

MetaBASIC
Meta-BASIC jest nową czułą metodą rozpoznawania odległych podobieństw między białkami wykorzystując wiele uzgodnionych ułożeń sekwencji zwanych meta-profilami. Metoda ta bierze pod uwagę profile sekwencyjne w połączeniu z przewidzianą strukturą drugorzędową poprzez użycie kilku systemów oceny przewidywań oraz wielu algorytmów generujących ułożenia sekwencji. W niezależnych testach Meta-BASIC prześciga wiele innych serwerów rozpoznających foldy białek oraz konkuruje z metodami konsesusowymi, których siła wynika z porównywania modeli analizowanych białek a nie tylko samych ich sekwencji. Meta-BASIC umożliwia detekcje bardzo odległych zależności miedzy białkami których struktura nie jest znana. Dodatkowo ma zdolność prowadzenia jednocześnie obliczeń dla dużej ilości sekwencji wejściowych.

LiveBench
Projekt LiveBench pozwala w sposób ciągły testować wydajność obecnych metod przewidywania struktury białek. Każdego tygodnia sekwencje nowo zdeponowanych białek strukturalnej bazie danych PDB są wysyłane do wszystkich biorących udział w eksperymencie metod rozpoznawania struktury białek biorących. Wyniki zbierane i oceniane są w sposób ciągły z użyciem automatycznych programów modelujących. Podsumowanie wyników jest prezentowane po kilku miesiącach zbierania danych. Aby wziąć udział w eksperymencie serwery musza opóźniać aktualizację swojej biblioteki danych strukturalnych aby nie zawierać struktur przewidywanych białek.


Metody Porównywania struktury

3D-Hit
3D-Hit jest szybkim narzędziem służącym do porównywania struktury trzeciorzędowej białek. Zawiera uaktualnianą cotygodniowo bazę danych struktur białkowych pochodzących z bazy PDB. Program zawiera szybki algorytm– potrafi w około 5 minut przeszukać bazę danych struktur białkowych przy użyciu struktury wejściowej składającej się z 200 aminokwasów. Zaimplementowany algorytm haszujący wykrywa podobieństwa pomiędzy blokami struktury o długości maksymalnie 300 aminokwasów. Końcowe ułożenie sekwencjo powstałe z nałożonych struktur składa się z kolejnych nakładających się na siebie bloków.

Narzędzia do analizy małych cząsteczek.

Ligand.Info
Ligand.Info jest narzędziem służącym do wirtualnej analizy dużej ilości cząsteczek mogących być potencjalnymi lekami. Baza danych programu zawiera wiele publicznie dostępnych zastawów molekuł pochodzących z takich baz danych związków chemicznych jak: Hetero Atoms z Protein Data Bank, KEGG Ligand Database, czyThe Open NCI Database.
Całkowity rozmiar bazy danych stanowi około jednego miliona rekordów. Działanie serwera Ligand.Info opiera się na idei, że małe związki chemiczne o podobnej strukturze mają podobne właściwości biologiczne. System pozwala na szybkie i czułe przeszukiwanie związków z użyciem indeksów strukturalnych. Narzędzie potrafi w sposób iteracyjny grupować zestawy molekuł po stronie użytkownika i automatycznie wczytywać podobne związki z Bazy danych po stronie serwera. Wszystkie pobrane cząsteczki są automatycznie wyświetlane z użyciem wbudowanej przeglądarki.

Metody przewidywania funkcji

AutoMotif

Serwer AutoMotif (AM) przewiduje funkcjonalne motywy w białkach opierając się wyłącznie na informacji sekwencyjnej. Lista możliwych miejsc funkcjonalnych dla badanego białka jest konstruowana z użyciem jego sekwencji i bazy danych białek adnotowanych z uwzględnieniem kryterium procesów biochemicznych pobranch bazy danych Swiss-Prot. Cała sekwencja białka jest dzielona na nakładające się fragmenty. Fragmenty te są porównywane z baza danych motywów funkcjonalnych z użyciem metody wektorów wspierających (SVM). Efektywność klasyfikacji każdego typu miejsca aktywnego siła przewidywania metody jest oceniana z użyciem testu „leave-one-out”. Zarejestrowani użytkownicy magą mieć dostęp do wszystkich miejsc aktywnych adnotowanych w bazie danych SwissProt (versja 4.2), dodawać nowe białka z adnotowanymi segmentami lub zmieniać atrybuty białek znajdujących się już w bazie. Wszystkie dane: informacja biologiczna, teoretyczna klasyfikacja modeli i automatyczne przewidywanie funkcji jest uaktualniane po każdej większej aktualizacji bazy Swiss-Prot.

Analiza sekwencji DNA

Promoter
Serwis analizujący sekwencje promotorowe został stworzony w celu pomocy w zrozumieniu właściwości biologicznych sekwencji promotorowch genów ludzkich. Narzędzie to próbuje odpowiedzieć na pytanie, który z motywów w danej sekwencji promotora jest zachowawczy i preferowany przez ewolucje. Metoda ta bazuje na analizie ułożeń mysich i ludzkich homologicznych sekwencji promotorowych. Dzieki tej metodzie stworzona została także baza danych ludzkich sekwencji paromotorowych – ProTest.